Nová hrozba visí nad mystickou vesnièkou Hidden Leaf a jejími obyvateli. Je pouze na Narutovi a jeho ninjech, aby zachránili vesnici od nebezpeèného útoku nepøátel.
Lidé z vesnièky Hiddel Leaf nalezli znovu pevnou pùdu pod nohama a obnovili své normální životy po pøedchozím útoku ïábelského Orichamara, když se jejich zapøísáhlý nepøítel objeví opìt z nièeho nic v mìstské bránì. Díky hrozbì bezprostøedního útoku jsou povolání Naruto a jeho kolegové ninjové, aby spoleènì vytvoøili tøi týmy, vrhli se do boje s tímto nepøítelem a pøekazili hrozící útok.
S využitím své veškeré Ninja strategie a dovedností zvolte ke koneènému boji jeden ze tøí týmù a pøijmìte výzvu na záchranu vesnice. Na zaèátku každé mise si zvolte vedoucího týmu z pìti dostupných charakterù, který je následován dvìma podpùrnými èleny týmu ze seznamu 19 hratelných postav. Jakmile je váš dokonalý tým vybrán, vrhnìte se do boje a využívejte kombo-útokù pro boj zblízka, použijte svùj Chakra k bìhu nahoru na stìny a provádìjte speciální dostupné ninja techniky, abyste mohli porazit nepøítele. Kromì toho nezapomeòte využít dlouhé øady vrhacích zbraní, které mùžete sbírat v prùbìhu celé mise.
Pøi hraní využijete dotekovou obrazovku Nintenda DS i foukání do mikrofonu – díky tomu si aktivujete své koneèné ninja dovednosti i kompletní užiteèné minihry. Tyto vzrušující minihry, které jsou obsaženy v každé misi, obsahují rùzné požadavky, které musí hráè splnit. Pokud je mise úspìšnì dokonèena, mírnì se sníží ukazatel zdraví nepøítele, což napomáhá úspìšnosti mise.
