V blízké budoucnosti budou malí, telepaticky øízení roboti nasazováni na nebezpeèné úkoly jako je hlubinný výzkum moøí, ochrana pøed katastrofami a prùzkum vesmíru. Oblíbení a lehce specializovaní „Robos“ urèují také nejpopulárnìjší sport všech dob: boje v holografických arenách, tzv. „holosseums“. Bohužel mají i kriminálníci potenciál malé stroje používat jako zbranì, což vede k vážným spoleèenským problémùm.
Hráè zažije hru z perspektivy školáka, který se pøistìhoval do mìsta a zaèal chodit do nové školy. Sní o tom, že vyhraje šampionát Robocup, ale také o tom, že pùjde k policii a bude bojovat proti kriminalitì robotù. Ve škole se spøátelí s Julií, mladou dívkou, která vyhrála šampionát spolu se svým bratrem. Nyní hledá nového Robo-Commandera, který by vyrostl v šampióna, a ve svém novém kamarádovi vidí mimoøádný potenciál. Hráè se tak od Julie uèí všechno, co musí umìt pravý Robo-Commenader. Ale pøedtím, než se vùbec mùže zúèastnit prestižního Robocupu, musí nejprve vyøešit øadu úkolù. Jenom tak získá všechny souèástky, které potøebuje ke konstrukci nejsilnìjšího bojového robota na svìtì. K tomu patøí trup, letoun, zbranì, bomby a konèetiny. To vše lze vybrat jednotlivì a pomocí dotekové obrazovky umístit pøesnì tam, kam to patøí. Jakmile hráè nalezne první souèástky, mùže je ve svém Roboxu pøizpùsobit pro svého Robota a pøipravit ho na turnaj. Když se podaøí hráèi získat všechny volné prvky, bude disponovat tisícovkami kombinaèních možností. Tak mohou hráèi sestavit bojové stroje, spojit útoèné a obranné techniky s rychlostí a optimálnì se adaptovat na jakoukoli situaci.
Soutìže se konají v pestrobarevné trojdimenzionálnì animované arénì. Pøekážky, které musí roboti obejít nebo pøeskoèit a za nimiž se mohou také ukrývat, zvyšují dodateèné napìtí. Pøi høe jde o to, veškerou silou rozložit protivníkova robota na jednotlivé souèástky a sám získat co možná nejménì šrámù. Pøitom se hráèi postupnì uèí strategicky správnì používat jednotlivé bojové prvky a neustále zdokonalovat své roboty.
Pro samostatné hráèe jde v Bojovém módu o to, stát se absolutním šampiónem všech Robo-Commanderù. Hráè øídí svého robota za pomoci køížového ovladaèe a používá tlaèítka Nintenda DS, aby zavalill svého protivníka hromadami støel a bomb. Kdo vystoupí proti libovolnému robotovi nebo by si chtìl v soutìžích v arkádovém stylu vylepšit své bodové konto, mùže volnì hrát v Arkádovém levelu. Podle výkonu bude hráè vyznamenám zlatou, støíbrnou nebo bronzovou trofejí. Ale aby hráè získal toto speciální ocenìní, musí vyhrát v øadì za sebou pìt bojù o titul.
Kromì tìchto variant nabízí Custom Robo Arena také možnost bojovat prostøednictvím Nintendo Wi-Fi Connection s hráèi z celého svìta. V Multiplayer módu se mohou vyzvat k soutìže náhodnì nebo cílenì vybraní spoluhráèi zhruba stejné bojové síly. A pøirozenì si i zde mohou hráèi sestavit seznam kamarádù vlastnících Wi-Fi a sledovat tak jejich pokroky.